Boudewijn II (± 1056 – overleden in Syrië, 1098), was graaf van Henegouwen van 1071 tot aan zijn dood. Hij was de tweede zoon van Boudewijn VI van Vlaanderen en Richilde van Henegouwen, en volgde zijn oudere broer Arnulf op, die sneuvelde in de Slag bij Kassel op (22 februari 1071). Als gevolg van deze slag moest Boudewijn Vlaanderen afstaan aan Robrecht I de Fries. Hij slaagde erin Henegouwen te behouden voor zichzelf en zijn moeder Richildis, dankzij de steun van de Luikse prins-bisschop Theoduinus (1048-1075), van wie zij voortaan Henegouwen in leen hielden.
Tot 1076 regeerde Boudewijn II onder het regentschap van zijn moeder, daarna steeds meer zelfstandig. Zijn pogingen om het graafschap Vlaanderen te heroveren mislukten bij herhaling.
Neemt in 1096 deel aan de Eerste Kruistocht; wordt na de inname van Antiochië (juni 1098) ermede belast dat te gaan melden aan de keizer in Constantinopel doch wordt tijdens deze tocht in Klein-Azië kennelijk overvallen en vermoord; wordt bijgenaamd 'van Jeruzalem' (hoewel hij die stad nooit heeft bereikt).
Zijn zoon Boudewijn volgde hem op.