enige zoon van Philips van Marnix. In tegenstelling tot zijn vader kon hij niet goed studeren en werd in 1592 kapitein in het leger. Hij maakte het beleg van Steenwijk mee. In 1596 huwde hij Veronica Hoen van der Lippe, die hem een dochter schonk: Walburg. Jacob sterft 28 januari 1599, zes weken na zijn vader en wordt in hetzelfde graf in de Pieterskerk in Leiden bijgezet. Walburg huwt 1616 met Willem van Oldenbarnevelt, heer van Stoutenburg, de zoon van de raadpensionaris. Hij moest na de aanslag op prins Maurits in 1623 naar België vluchten. Walburg van Marnix, Vrouwe van West-Souburg, was toen al gescheiden van Willem van Oldenbarnevelt. Zij verkocht de ambachtsheerlijkheid West-Souburg in 1638 en hertrouwde in dat jaar met Willem van Dordt, gedeputeerde van Gelderland ter Staten-Generaal. Na een tragisch leven met deze man overleed Walburg in 1654 kinderloos te Den Haag. Met haar stierf de rechtstreekse afstamming van Philips van Marnix uit.